Mozart escribió la Sinfonía n.º 40 durante un período de su vida extraordinariamente creativo, el verano de 1788. En el espacio de unas pocas semanas compuso también sus sinfonías n.º 39 (terminada el 26 de junio) y n.º 41 (finalizada el 10 de agosto). Se ha especulado que preparaba estas obras para un futuro viaje a Inglaterra, que nunca ocurrió.
Como ocurre con la Sinfonía n.º 41, no existe ninguna prueba documental de que la obra llegara a estrenarse en vida del compositor. Con todo, como señala Zaslaw (1983), la información de que se dispone parece indicar que sí se estrenó. En diversas ocasiones antes de la muerte de Mozart se realizaron conciertos sinfónicos con su música, y de algunos de ellos han sobrevivido los programas. En algunos se incluye una sinfonía «desconocida», de la que no se indican ni datos ni tonalidades. Entre estos conciertos están:
- Dresde, 14 de abril de 1789, durante el viaje a Berlín de Mozart.
- Leipzig, 12 de mayo de 1789, en el mismo viaje a Berlín.
- Fráncfort del Meno, 15 de octubre de 1790.
Existen además copias del cartel de un concierto dado por la Tonkünstlersocietät (Sociedad de Músicos) el 17 de abril de 1791 en el Burgtheater de Viena, dirigido por el colega de Mozart, Antonio Salieri. La primera obra del programa se anunciaba como «una gran sinfonía compuesta por Herr Mozart».
Más importante es el hecho de que Mozart revisara su sinfonía; se conservan todavía los manuscritos de ambas versiones. Como comenta Zaslaw, eso «demuestra que [la sinfonía] fue interpretada, porque Mozart no se habría tomado el trabajo de añadir las partes de los clarinetes y de reescribir las de las flautas y los oboes para acogerlos, si no las hubiese escuchado en una actuación en directo». La orquesta del concierto de Viena de 1791 incluía a los hermanos clarinetistas Johann y Anton Stadler y, como Zaslaw señala, esto limita las posibilidades a la Sinfonía n.º 39 y a la n.º 41. Según Zaslaw, la versión sin clarinetes también debió de haberse estrenado, porque la versión reorquestada de dos pasajes en el movimiento lento, que se conserva de puño y letra del compositor, evidencia que debió de haber escuchado la obra, descubriendo que algún aspecto necesitaba corregirse.
